El Sabio Ninja Rikoudou Sennin fue el creador de las artes que ahora los mortales aprenden como medio para defender sus ideales y a sí mismos de otros como ellos; a éstos se les llamó "Shinobis" o "Ninjas". Hubo algunos que prefirieron aprender las artes de las armas y deberle su lealtad a un único Señor, dedicarle la vida y rendirle honor en todo lo que hiciera, se les conoce como "Samurais". Un tercer grupo, -nacido directamente del propio Sabio antes de su muerte- Bestias "Divinas" con poder inigualable (9 en total) fue ocultado de los otros dos, hasta que inevitablemente se encontraron...

Estos grupos, diferentes hojas de un mismo árbol, tenían sus diferencias y como resultado de ellas nació y creció un conflicto bélico terrible que diezmó y devastó el mundo que se conocía hasta ese momento. Los grupos, o al menos dos de ellos, se dieron cuenta de que lás batallas no terminarían, sobretodo porque los Bijuus (Nombre que se les dio a las Bestias con Cola) no consentirían jamás que los "Otros" los esclavizaran y éstos últimos sabían que no contarían jamás con lo necesario para someterlos a sus deseos, así que llegaron a un acuerdo: Cada bestia elegiría a un Shinobi o Kunoichi para "prestarles" su poder sólo cuando fuera necesario y los elegidos demostraran ser dignos para cargar con tal responsabilidad. A éstos hombres y mujeres se les conocieron como Jinchuurikis, y hubo leyendas sobre éstos donde se decía que incluso podían invocar a las magníficas bestias durante sus batallas, dado al íntimo lazo que unía al ninja y al bijuu

La tregua inició una era de paz que poco iba a durar, pues siempre habrá quien quiera hacer el mal y causar problemas, justo eso fue lo que sucedió cuando un Ninja Maligno de poder muy similar a Rikoudou, tomó por la fuerza a Nekomata, matando al Jinchuuriki de este en el proceso. Los otros bijuus tomaron esto como traición y reanudaron la guerra con los Ninjas, la cual las historias dicen, duró más de 30 años. Tanto Bestias como Humanos acabaron exhaustos y se llegó a una segunda tregua: Se detendría la guerra si los "Otros" podrían demostrar que podían ser confiados, los Bijuus volverían a ser sus aliados, en caso contrario, las guerras continuarían hasta que uno de los grupos quedara eliminado de la faz de la Tierra

Así es como los ninjas se esfuerzan en acabar con la guerra, entrenando, volviéndose más fuertes cada quien a su manera. Pasó el tiempo y la tregua fue poco a poco olvidándose, hasta que lo único que había en la mente de los ninjas era sólo la búsqueda de poder, y los bijuus se ocultaron, sintiéndose engañados y nuevamente traicionados juraron acabar con los traidores que ni siquiera se han esforzado en rescatar a Nekomata, pasado de generación en generación por la estirpe del Ninja Maligno

Pero hay esperanza. 9 jóvenes ninjas tratan de reavivar la tregua y revivir la antigua confianza de las Bestias, terminar las guerras y vivir en paz...